La Iglesia de San Francisco de Villamartín se encuentra en la calle del mismo nombre y forma parte de lo que fue convento.
De su interior destaca el retablo de estilo neoclásico donado por el Rey Fernando VII que está situado en el altar mayor y que fue colocado en 1828.
El Cristo de la Veracruz situado en este altar es una magnífica talla del siglo XVI y era el titular de la primitiva ermita. Se atribuye al escultor y retablista flamenco Roque Balduque.
Destacan un retablo Rococó con la imagen de Santo Tomás, una imagen de Nuestra Señora La Soledad, del siglo XVII y una magnífica imagen de Humildad y Paciencia de Jesús. También son dignas de mención una talla de San Antonio con el niño, realizada en cedro por Martín Moreno en 1644 para la Cofradía de San Antonio y las imágenes de San Juan de Dios y San Rafael que se encuentran en el Altar Mayor.
En esta iglesia se leyó y juró la Constitución el día 6 de septiembre de 1812, poco después de la retirada de las guarniciones francesas de la localidad. Ese día se celebró una misa solemne y se cantó en señal de gracias al Señor un Solemne Tedeum, como aparece en Actas Capitulares.
