En 1552 el regidor Juan de Amaya el Viejo y su mujer fundan el convento de Ntra. Sra. De la Concepción para enterramiento propio, previo convenio los franciscanos abandonan el convento sacando el santísimo sacramento en solemne procesión y llevándolo a la iglesia de Ntra. Sra. De clarisas, extramuros de Vejer. A partir de esta fecha toma el nombre de San Francisco.