El Castillo de San Marcos es uno de los edificios más destacados de El Puerto.
Hoy en día el Castillo de San Marcos pertenece a las Bodegas Caballero una antiquísima bodega cuyo origen se remonta al 1830. La bodega se encuentra anexa al Castillo. Se puede visitar para conocer más sobre la historia de El Puerto y el papel del vino en ésta historia. Al final de las visitas guiadas es posible realizar una pequeña cata de vinos de la firma. Las visitas duran 1 hora aproximadamente.
El núcleo originario del castillo de San Marcos fue una pequeña mezquita rural construida en el siglo X y ampliada, posiblemente en los siglos XI y XII. Fue este centro religioso, dotado de una sucinta fortificación, el núcleo de una aldea o alquería denominada Alcanatir o Alcanate. La mezquita se ha conservado en un magnífico estado a lo largo de los siglos gracias a su carácter de lugar de culto. En el muro sur -o muro de la qibla-, orientado como el de todas las mezquitas de Al-Andalus hacia el sureste, se abre la hornacina o mihrab -descubierto en 1934 tras desmontarse el altar que lo ocultaba-, que marca la dirección de la meca.
Conquistada Alcanate hacia 1260 por Alfonso X el Sabio (1252-1284), éste convirtió la mezquita en una iglesia cristiana, construyéndose en el muro este un sencillo ábside, en cuyo altar colocó una imagen sedente de Nuestra Señora bajo el nombre de Santa maría del Puerto, a la que daban culto los primeros pobladores cristianos de la aldea. Esta imagen se venera hoy, bajo la advocación de virgen de los Milagros, en la iglesia Prioral del Puerto de Santa María.
El aspecto del castillo de San Marcos, tanto exterior como interior, debe mucho a las obras de restauración realizadas en los años 40 por el historiador local D. Hipólito Sancho de Sopranis. Actualmente, Caballero mantiene una apuesta continuada por su recuperación como símbolo del patrimonio cultural de El Puerto de Santa María.
Con esta filosofía, la compañía ha financiado la actual rehabilitación del monumento, haciendo realidad la recuperación de la bodega anexo, convertida ahora en bodega del castillo, así como la construcción de la sede oficial para la cátedra de Alfonso X el sabio. De este modo se crea un espacio adecuado para las actividades de esta institución, creada en 1998 para promover la investigación en relación al rey sabio y su época.
La recuperación del castillo va más allá de la labor arquitectónica. El proyecto de revitalización incluye una completa programación de actividades culturales, en las que se integra el Ciclo de Música Castillo de San Marcos, exposiciones pictóricas y eventos exclusivos.