Los antecedentes de la fundación del Convento de Capuchinos hay que buscarlos en torno al año 1600. Por estas fechas, y también desde fechas anteriores, se venían sucediendo unos episodios tumultuosos de riñas y peleas entre dos barrios de Sanlúcar de Barrameda.
De una parte, el conocido como “Barrio de los Gallegos”, en el entorno de las calles Barrameda y Santo Domingo, contaba con un fuerte arraigo de los hombres de la mar, antes incluso de la época de los viajes transoceánicos, agrupados en torno a la ermita de San Nicolás (1595); desde la segunda mitad del siglo XVI esta zona comenzó a poblarse de pudientes mercaderes y mareantes en general, asentados allí al abrigo del comercio de la Carrera de Indias; por otro lado, el barrio de pescadores y navegantes viajeros de la costa asentados desde principios del siglo XVII en la zona de San Juan, plaza de la Salle, calle de la Plata e incluso la zona de la Balsa. El desprecio y recelo mutuos de unos y otros vino seguido de sonoros apedreos los días de fiesta. Los combates y pendencias fueron un continuo entre ambas zonas de la ciudad y no disminuyeron hasta que el comercio no se mudó a Cádiz.
Los mareantes de la Balsa, que nunca fueron admitidos por los de la Cofradía de San Nicolás, erigieron una ermita dedicada a Nuestra Señora del Buen Viaje, en una zona de huertas conocidas como del Desengaño. Aquí, en torno al año 1634, se construiría el Convento de Capuchinos tras promesa dada por el entonces VIII Duque Don Manuel Alonso Pérez de Guzmán, quien tras sanar de una grave enfermedad quiso hacer merced de gratitud a los hermanos de esta orden de origen franciscano.
La vinculación del convento con América, y con los mareantes del barrio de la Balsa, fue desde el inicio muy estrecha. La propia imagen de la virgen del Buen Viaje, que acompañó a los marineros en sus navegaciones, la podemos ver hoy día ubicada en el retablo mayor de la iglesia. Además, en el claustro se conserva un singular conjunto de pinturas representativas de santos de la orden, mártires de las misiones en América. A este respecto, no podemos dejar de mencionar que a finales del siglo XVIII se crea en el convento un Seminario o Colegio de Misioneros vinculado con América, con el nombre de Colegio de Misioneros para Indias.
En cuanto a su arquitectura, fruto de la mano de Martín Rodríguez de Castro, destaca la gran sencillez y austeridad de su obra. El conjunto conventual, que sufrió durante la primera mitad del siglo XIX -como tantos otros conventos e iglesias de la época- las consecuencias de la invasión francesa y las dos desamortizaciones eclesiásticas, conserva prácticamente su estructura original y su organización en torno a espacios abiertos (huerta, jardín y cementerio). El compás se abre a través de una sencilla portada triunfal sobreelevada, formada por un arco rebajado de rosca e imposta destacada, al que flaquean pilastras toscanas que soportan frontón triangular desventrado coronado de tres merlones. El cenobio es sencillo y austero.
El conjunto está limitado por un fuerte muro merlonado, más propio de una fortificación.