La Iglesia de San Francisco se realizó por fundación de la Duquesa de Arcos, Beatriz Pacheco, para un convento de Franciscanos Observantes y se inició a principios del siglo XVI en el lugar ocupado por una antigua ermita dedicada a San Antonio de Padua. A finales del siglo XVII se convirtió en colegio de Propaganda Fide, seminario de misiones en España, Filipinas y Ultramar.
En el año 1835, con la Desamortización de Mendizábal, quedó extinguido el convento, pero continuó la iglesia. El edificio presenta una portada sencilla precedida por una arquería compuesta por arcos de ladrillos que descansan sobre columnas de mármol enmarcadas por alfices.
El interior dispone de una nave central con crucero rematado por una cúpula de media naranja a la que se le anexan tres capillas de diferentes estilos (Gótico, Flamígero y Barroco).
Cabe destacar el zócalo de azulejos sevillanos del siglo XVII, la talla de la Purísima (siglo XVIII), un Niño Jesús atribuido a la Roldana, así como el relieve de la capilla de las Ánimas.