La Iglesia y Hospicio de la Misericordia es un edificio construido en 1779 por D. Sebastián Sánchez Franco, conde de Cinco Torres, natural de Conil y rico mercader en la Carrera de Indias. La finalidad de esta gran casa-hospicio fue el dar alojamiento a treinta familias pobres.
La edificación se compone de una capilla central de los del tipo "iglesia-salón", prácticamente cuadrada, y dos patios a cada lado en donde se sitúan las treinta habitaciones, los aseos, la cocina común, las dependencias de la casera y las habitaciones del capellán. Construido a base de buenos materiales como la piedra ostionera y la cal, ha llegado hasta nuestros días en excelente estado de conservación. En el año 1946 fue cedido gran parte del edificio para la instalación del colegio de Jesús, María y José y el resto del edificio, una vez finalizada su primitiva función como alojamiento de pobres ancianas y viudas, fue destinado a casa auxiliar de la parroquia y vivienda del Sr. cura párroco. Actualmente se vienen impartiendo las clases de catequesis y es la sede de "Cáritas Parroquial".
Dentro de su capilla es de reseñar la escultura de la Virgen de la Misericordia, talla de finales del siglo XVIII, de madera policromada perteneciente a la escuela sevillana. Esta talla sufrió grandes desperfectos en un incendio que se produjo en la capilla, siendo magníficamente restaurada por D. Manuel Pineda Calderón y costeada por el farmacéutico D. Manuel Pérez Moreno.
El Cristo de marfil, situado en el altar mayor, procede de la iglesia parroquial de Santa Catalina de donde fue trasladado junto con todo el altar tras el incendio de 1942. En dicho incendio quedó totalmente destruido el altar original de la fundación de la Misericordia y el que actualmente se puede contemplar es el que hasta entonces presidía la capilla del Sagrario de la iglesia mayor de Santa Catalina, cerrada al culto ya en aquella fecha. El crucifijo procede de los talleres de los sangleyes de Manila según nos informa Zobel de Ayala, quien ha realizado un profundo estudio de estos marfiles filipinos. Las características que denotan su procedencia son: el encurvamiento frontal de la imagen, el abultamiento de sus ojos, las cejas pintadas y otras características donde se descubre la mano oriental de su hechura.
En la sacristía de la Misericordia también puede contemplarse un lienzo que representa "La huida a Egipto", cargado de dinamismo y expresividad. La tradición lo ha atribuido a la mano del padre de Valdés Leal. Sin que se pueda afirmar esta autoría, es una obra del barroco andaluz del siglo XVII. Procede de la iglesia de Santa Catalina.