La Iglesia de San Juan de Dios se asienta sobre el terreno de una antigua ermita dedicada a San Sebastián, donde estaba el cementerio de apestados, extramuros de Medina Sidonia.
Hospital más importante de la comarca
En 1579 se asientan en ella los religiosos Mínimos de San Francisco de Paula y los Hospitalarios de San Juan de Dios quienes, tras trasladarse al centro de la ciudad, regresan en 1650 estableciendo allí un Hospital que terminan a principios del siglo XVIII quedando tal como se conservan hoy el Patio Central y la Iglesia. Este Hospital, el más importante de la comarca, estaba dedicado al Santo Nombre de Jesús y en torno a él surge el barrio.
En 1689, el presbítero D. Cristóbal Patricio de la Gasca, asidonense y canónigo de la Catedral de Cádiz, engrandece la Iglesia y la casa-hospital con donaciones.
La iglesia fue la última construcción del Hospital
La Iglesia, tal y como la contemplamos hoy, fue lo último en construirse. Se trata de un conjunto dedicado a la vida conventual, con claustro y dependencias que acogían a los enfermos y la Iglesia, de proporción armónica y muy bella en su conjunto. Es de planta de salón, de una sola nave que ensancha en un antecrucero de planta execrada y con crucero que no sobresale del plano. Bóveda de cañón con lunetos y hermosa cúpula rebajada sobre pechinas que ocupa prácticamente la mitad de la Iglesia, descansando el resto sobre cuatro contrafuertes adosados a manera de altas columna. En el crucero existen cuatro capillas y en los muros laterales dos hornacinas.
El Altar Mayor se levanta sobre el rellano y presenta retablo barroco de madera dorada con tres calles y ático. Representa el prototipo de altar propio, en su iconografía, de la Orden Hospitalaria, siendo su autor Villegas. En la calle central, en camarín amplio y proporcionado, la imagen de Ntra. Sra. de la Salud, del siglo XVI y de autor anónimo. Traída por los religiosos y entronizada en este lugar, fue venerada como remedio de enfermedades. Es de candelero con niño en brazos del siglo XVIII y de tamaño académico. Luce corona y cetro de plata del siglo XVIII. En las calles laterales, entre hermosas columnas, los arcángeles San Rafael y San Miguel, barrocos y de fina policromía. Sobre ellos San José y San Antonio de la misma época y en el ático, el tránsito de San Juan de Dios. En el centro del retablo se abre un manifestador con la imagen del Niño Jesús en plomo, titular del primitivo Convento.
En la pared derecha del Altar Mayor se aprecia un cuadro del siglo XVIII que representa a San Juan Nepomuceno. Junto a la mesa de Altar, crucifijo de finales del siglo XVI, atribuido a Miguel Adán.
Las capillas
Capilla del Santísimo, situada en la primera capilla del crucero a la derecha del Altar Mayor. Presenta retablo y sagrario todo en mármol y jaspe con pilastras dóricas, de principios del siglo XVII. En la hornacina central se venera la imagen de Santa Rosalía, de talla, del siglo XVIII, abogada de los enfermos. En esta capilla esta reservado para la adoración de los fieles el Santísimo Sacramento.
Capilla de la Dolorosa: en la primera capilla del crucero a la izquierda del Altar Mayor. Presenta un retablo de fines del siglo XVIII de cedro y caoba, en su color. Presenta tres calles y ático. Las imágenes que lo integran son San José, San Francisco de Paula y la Inmaculada. En el camarín central, imagen de Ntra. Sra. de los Dolores, de candelero, del siglo XVIII, de tamaño natural y que actualmente es cotitular de la Hermandad de la Reconciliación. La Capilla de Stmo. Cristo de la Reconciliación se encuentra en la segunda capilla del crucero a la derecha del Altar Mayor. Es lo que queda de la primitiva ermita, del siglo XVI, dedicada a San Sebastián, y que fue integrada en el conjunto de la Iglesia cuando se construye en 1689.
Es de proporciones reducidas y se corona con una pequeña cúpula sobre pechinas donde se insertan los escudos de San Sebastián. Se venera en esta capilla la imagen del Santísimo Cristo de la Reconciliación, titular de la Hermandad del mismo nombre. Es un crucificado del imaginero Juan Bautista Vázquez “el viejo”, de principios del siglo XVI, armonioso y muy bellos en su anatomía. Procesiona el Miércoles Santo.
Otras imágenes
En hornacina a la izquierda del Altar Mayor, la primitiva imagen de San Sebastián, del siglo XVI, cuya cofradía existía en 1581 y cuya talla tiene el manierismo del de Berruguete. En hornacina a la derecha del Altar Mayor imagen de San Nicolás de Bari contemporánea.
Pinturas
Dos grandes lienzos con motivos de la vida de San Juan de Dios (su nacimiento y su vida como pastor) a ambos lados del coro; son de exquisito colorido y nada podemos decir de su autor ni escuela, aunque de factura del siglo XVII.
Sobre la imagen de San Nicolás de Bari, óleo de la Inmaculada, inspirado en Murillo, dedicado a las Hermanitas de los pobres por M. Rocafull, año de 1878. Digno de mención es también un pequeño icono de Ntra. Sra. de Montenegro, de factura bizantino italiana, del siglo XVII, y que representa coronas de plata del siglo XVIII superpuestas.
La Sacristía
La Sacristía es rectangular con bóveda de cañón con lunetos. Presenta una cajonera de pino con tapa de caoba. Sobre ella, en una hornacina, imagen tallada, policromada y estofada de Ntra. Sra. de la Salud. Es de factura cercana al taller de Villegas y es digna de Alonso Cano.