Anterior iglesia conventual, la iglesia de San Agustín fue reformada casi en su totalidad en el siglo XVIII.
El templo tiene tres naves, en los muros laterales existen capillas sufragadas por los fundadores, entre ellas, algunas conocidas familias de comerciantes gaditanos. Está cubierta con bóveda de cañón en la nave central y vaídas en las laterales, sobre pilares con pilastras toscanas y cúpula sobre pechinas en el crucero.
La portada es de mármol de mediados del siglo XVII de estilo manierista tardío. El claustro está compuesto por cuatro pórticos de columnas toscanas de mármol, los dos cuerpos superiores presentan vanos adintelados. El retablo de la capilla mayor es de estilo neoclásico, imitando mármoles, obra de Pedro Angel de Albizu.
La reforma realizada en el neoclásico hace que retablos de este estilo se combinen con los de estilo barroco. Tiene esta iglesia un rico patrimonio artístico, entre los que sobresalen el Cristo de la Humildad y Paciencia, atribuido a la Roldana, y el Cristo de la Buena Muerte atribuido según unos a Martínez Montañés y según otros a Alonso Cano.
